Szkołę założyło Stowarzyszenie Świętej Rodziny i do dziś sprawuje nad nią opiekę. Do stowarzyszenia należą ludzie dobrej woli, pracujący społecznie na rzecz założonych placówek.
Pierwszy rok szkolny rozpoczął się 1 IX 1997 r. Budynku użyczył wówczas ksiądz Andrzej Pluta – proboszcz parafii Chrystusa Odkupiciela Człowieka przy ulicy kard. S. Wyszyńskiego. Dzięki jego trosce i życzliwości szkoła ciągle rozwija się. Ksiądz Andrzej został naszym duszpasterzem na pierwsze dwa lata. Potem przez 3 lata funkcję tę pełnił ks. Piotr Podolak, a następnie znów ks. Andrzej aż do dziś. Dodatkowo duszpasterzami Katolickiej Szkoły Podstawowej im. Świętej Rodziny w Olsztynie byli: ks. Radosław Czerwiński i ks. Eryk Sienkiewicz.
Przy powstaniu szkoły swój znaczący udział mieli także – oprócz Stowarzyszenia – p. Stanisław Sienkiewicz, p. Marian Andruszkiewicz, p. Maria Bukowska. Dziękujemy im za to.
Początkowo w szkole była tylko jedna klasa, ale z każdym rokiem przybywało uczniów. W drugim roku powstała „zerówka”. W kolejnych latach szkoła była ciągle remontowana i wyposażana. Szczególne słowa uznania należą się tu rodzicom i ks. Andrzejowi. Wraz z rozwojem szkoły zaczęły działać: Rada Rodziców, Samorząd Uczniowski, wiele kółek zainteresowań, ZHR i zuchy.
Na stałe do szkolnego kalendarza weszły:
- wrześniowa piesza pielgrzymka do Gietrzwałdu i uroczyste poświęcenie tornistrów na Mszy świętej w Gietrzwałdzie,
- ślubowanie kl. I,
- obchody Dni Papieskich,
- tydzień misyjny w październiku i związany z nim kiermasz ciast na rzecz misji,
- październikowy różaniec,
- obchody Święta świętego Andrzeja,
- Msze święte „roratnie” w grudniu,
- „Mikołajki”,
- zbieranie darów dla rodzin ubogich spoza szkoły – akcja „Rodzina-Rodzinie”,
- dzielenie się opłatkiem w szkole przed Bożym Narodzeniem,
- Święto Patronalne Szkoły, czyli obchody Święta Świętej Rodziny,
- bal karnawałowy uczniów,
- rekolekcje wielkopostne,
- Dni Chorego,
- Dni Regionalne i Dni Patriotyczne,
- obchody Święta Niepodległości i Święta Konstytucji Majowej,
- Imieniny Klasy w dniu święta danego patrona klasy,
- Dzień Sportu i Dzień Dziecka,
- comiesięczne Msze święte pierwszopiątkowe.
Tradycją szkoły stało się wspólne przeżywanie świąt narodowych i pielęgnowanie tradycji naszego kraju.
W 2000 r. „zerówka” działała już w nowo otwartym, jedno oddziałowym Niepublicznym Przedszkolu im. Świętej Rodziny w Olsztynie. Potem – na bazie szóstej klasy szkoły podstawowej – powstało gimnazjum (2003r.).
Od 2005 r. mamy swój sztandar szkolny, z czego bardzo się cieszymy.
Prężnie działa Rada Rodziców, wykazując swoją inicjatywę w różnych momentach życia szkolnego, m.in.:
- prowadzi i organizuje imprezy szkolne, np. Bal na Dzień Nauczyciela, bal karnawałowy dla młodszych uczniów, festyny,
- doposaża szkołę w pomoce naukowe, troszczy się o zdrowie i bezpieczeństwo uczniów.
Od kiedy mamy w szkole starsze klasy, zaczął funkcjonować Samorząd Uczniowski. Jego działalność to prawdziwa lekcja demokracji dla całej społeczności. Na wszystkich chętnych po lekcjach czekają różnorodne koła zainteresowań. Oferta jest bardzo bogata. Można się rozwijać, a także uzyskać w razie potrzeby pomoc. Nasi uczniowie biorą udział w wielu konkursach pozaszkolnych i osiągają w nich wysokie miejsca. Mają dzięki temu okazję nie tylko zmierzyć się ze swymi rówieśnikami, ale także nawiązać bliższe kontakty. Cieszy nas, że w tak małej szkole uczniowie mogą zdobywać wysoko notowane miejsca konkursowe, nawet na skalę województwa czy kraju.
W 2007 r. obchodziliśmy 10-lecie istnienia szkoły, zaś w 2017r. – 20-lecie. Z tej okazji wydaliśmy publikacje –„kroniki”: „Katolicki Zespół Edukacyjny im. Świętej Rodziny w Olsztynie. 10 lat 1997-2007”, „20-lecie (1997-2017). Katolicka Szkoła Podstawowa im. Świętej Rodziny w Olsztynie”. Chcemy w ten sposób ocalić od zapomnienia to, co wypracowaliśmy i wspólnie przeżywaliśmy.
Dziś szkoła ma już swoją bogatą tradycję i dorobek. Stara się dobrze uczyć i wychowywać w duchu wartości katolickich. Dobro naszych wychowanków postrzegane przez pryzmat wychowania katolickiego jest dla nas najważniejsze.